Linuxシステムのアップデートで問題発生!

CentOS7でストリーミングサーバーRed5を導入したとき、# yum update を実行したせいか、Web関係にちょっとした問題が発生しました。
①/var/www/html以下の所有が、なぜかrootに変わっていた。(FTPアクセスができない。)
②「Webでファイルのやりとり」で設定したディレクトリ容量制限で、このとき作成した.fsファイルが消滅していた。

そのほかにもいろいろ隠れた不具合があるかもしれません。
原因がはっきりしないのはなんとも。